ФСИН как самостоятельное ведомство была создана в 2004 году на основании указа президента Владимира Путина при реформировании органов исполнительной власти. До этого момента в течение шести лет — с 1998 по 2004 год — ведомство входило в состав Министерства юстиции РФ. Но дольше всего — еще с советских времен — функции исполнения наказаний лежали в плоскости задач МВД.
Возврат функций "тюремщиков" под управление министра внутренних дел Владимира Колокольцева был начат из-за скандальных сообщений о пытках в колониях. Переломным моментом стали 10 минут видеоролика, на котором почти два десятка сотрудников колонии №1 ФСИН в Ярославле с редким садизмом избивают осужденного Евгения Макарова.
Идея полной передачи функций ФСИН ведомству Колокольцева горячо поддерживается силовиками, но при этом подвергается критике со стороны правозащитников.
«Служба исполнения наказаний должна оставаться отдельно взятой структурой. Слияние с МВД однозначно усугубит ситуацию: система станет еще более закрытой и коррумпированной», — заявила глава организации «Правовая зона» Елена Соколова. По ее мнению, ФСИН нуждается не в реформировании, а в пересмотре правил приема сотрудников на службу и в усилении контроля над ними.
Кроме того, переход функций исполнения наказаний к министерству внутренних дел ведет к нарушению обязательств России перед Советом Европы, в соответствии с которыми пенитенциарная служба должна быть отделена от МВД и передана в Минюст.